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| 本文作者： 李雨晨 | 2020-11-30 10:37 |
雷锋网消息，日前，AI领域顶会EMNLP 2020落下帷幕。
今年全球仅有754篇论文被接受，接收率为24%，阿里巴巴凭借28篇论文成为入选论文数最多的中国科技公司。
据雷锋网了解，阿里相关研究成果覆盖情感分析、文本生成及医疗NLP等领域。
在今年疫情的大环境下，医疗领域的研究与成果产出也不断提速。
在名为《Predicting Clinical Trial Results by Implicit Evidence Integration》的论文中，达摩院研究团队设计了针对医学临床试验的进一步预训练任务，并提出全新的模型，帮助医学研究工作者更好地选择医学临床试验，以更快地找到有效的治疗方案。
研究团队在COVID-evidence数据集上完成了试验，并证明了模型的有效性。
论文链接：https://www.aclweb.org/anthology/2020.emnlp-main.114/
为此，该论文作者、达摩院算法专家谭传奇进行了解读。
自18年谷歌BERT横空出世以来，预训练语言模型一跃成为自然语言处理领域的研究热点，“Pre-training + Fine-tune”也成为NLP任务的新范式，将自然语言处理由原来的手工调参、依靠机器学习专家的阶段，进入到可以大规模、可复制的大工业施展的阶段。
这篇论文在BioBERT（在医学数据上训练的BERT模型）的基础上，设计了针对医学临床试验的进一步预训练任务（Post-Pre-training），最终在真实医学临床试验数据上微调（Fine-tune）后，取得了超过10个百分点的结果提升。
而这项工作的意义在于，帮助医学研究工作者更好地选择医学临床试验，特别在COVID-19疫情下，更好的医学临床试验或许就意味着能更快地找到有效的治疗方案。
在循证医学的时代，任何的治疗都要有相应的临床证据支持。证据往往来自于高质量的临床试验。然而，实施临床试验耗时耗力，需要大量资源支持。
并且，设计有缺陷或者难以成功的临床试验占用了宝贵的病人资源，可能会使亟待实施的临床试验因招募不到足够的患者而被迫终止。
新冠肺炎疫情中的瑞德西韦临床试验就是一个例子：
因其他设计有缺陷或者难以成功的临床试验占用了不少病人资源，该试验没有招募到足够的病人资源，而没有得到统计学上显著的结果。
所以，研究者需要在设计阶段就去预测临床试验的结果，并优先进行成功概率较高的临床试验。
提出新的临床试验需要过往临床证据的支持，比如WHO为新冠肺炎推荐优先检测氯喹/羟氯喹，瑞德西韦，干扰素和洛匹那韦/利托那韦四种药物优先进行临床试验。
推荐的理由就是，这些药物在过往的实验室或人体试验中对相关冠状病毒有效。然而，人类综合过往临床证据的能力有限。
谭传奇引用了一个数据：一项研究发现大概86.2%的临床试验最终会失败，WHO专家推荐的某些新冠肺炎治疗方法，如氯喹/羟氯喹，也没有得到好的结果。
临床试验设计难题的核心是临床试验的结果无法准确预测。
所以，如果能准确地预测临床试验的结果，就可以有针对性地进行成功概率的临床试验，从而大大提高临床试验实施的效率。
因此，谭传奇团队表示，在本工作中，我们的贡献就在于：
第一、创新地从NLP的角度重新定义了临床试验结果预测任务；
第二、提出了一种基于大规模隐式临床证据预训练的模型EBM-Net（Evidence-Based Medicine Network）用以解决该任务，EBM-Net在各种指标上远超医学大规模语言模型BioBERT，如在标准数据集上有10.7%的相对F1提升，并且在新冠肺炎相关的临床试验上也被证明有效。
在上面这张图中，参考医学临床试验在填报提案时需要的基本信息，输入是自然文本的形式的：
临床试验背景B，如“最新研究发现瑞德西韦在体外对新冠肺炎病毒有效……”；
要研究的人群P，如“重症新冠肺炎病人”；
治疗方法I，如“静脉注射瑞德西韦”；
对照方法C，如“与瑞德西韦相匹配的安慰剂”；
测量指标O，如“死亡率”
输出是其结果R，即在研究人群P中，治疗组I和对照组C的测量结果O的比较关系，有升高、降低和不变三种。
为了解决上述临床试验结果预测任务，达摩院的团队提出了针对循证医学的EBM-Net模型，其结构如图2所示，具体分为三步进行：
首先，用启发式方法收集隐式证据；
然后，用隐式证据预训练比较语言模型；
最后，用预训练的模型进行临床试验结果预测。
临床证据常常以一种比较的形式表达，如“瑞德西韦比对照组有更好的治疗新冠肺炎的疗效”，而找到这些证据就可以为我们提供训练文本。
研究团队发现，PubMed和PubMed Central是一个提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要，文献资源中就包含需要的证据文本（注：医学领域最好的大规模语言模型BioBERT的训练数据即来自PubMed）。
这篇论文提出用关键词匹配的方法，收集PubMed和PubMed Central中所有含有比较语义的句子：
为寻找表达升高和降低的语义，匹配含有“than”的句子，再进一步匹配形容词或副词的比较级，如“higher”，“smaller”等，同时含有“than”和一个或更多比较级的句子被收集；为寻找表达相似的语义，匹配含有“no difference between”和“similar to”模式的句子。
这些句子被称为隐式证据，因为它们往往隐式地含有临床证据所需要的PICO组分。他们还收集这些句子对应的文章摘要里的背景和方法的部分，作为隐式证据的背景B。
这种方法可以从PubMed和PubMed Central中提取出1180万条隐式证据，其中240万条表达结果降低，350万条表达结果相似，590万条表达结果升高。
将收集到的隐式证据中提示结果语义的词去除，就构造了一个类似语言模型训练的问题，通过给定上下文信息，预测去除的比较词。
论文中改进语言模型，提出用比较语言模型预训练一个Transformer编码器模型，即EBM-Net，以获取预测临床试验结果的能力。具体地，两组样本被用于预训练：
1、用正序的隐式证据预测其结果；
2、用反序的隐式证据预测相反的结果。
加入反序的例子有利于模型学到治疗组和对照组之间的比较，而不是语言模型里的共现关系。
在微调和测试时，团队将一个新临床试验要研究的PICO要素拼接成E，将E和其研究背景B输入到上述预训练好的EBM-Net模型中，输出其预测的比较结果，从而预测临床试验的结果。
EBM-Net在临床试验结果预测任务的标准数据集Evidence Integration试验结果如图3所示：
从结果中可以看出：
1、EBM-Net相比其他方法，包括随机预测、词袋+逻辑回归、利用MeSH知识图谱、信息检索+阅读理解模型以及目前生物医学NLP领域的SOTA模型BioBERT，都有很大的提高：BioBERT作为最强的基线模型，也比EBM-Net低了10.7%的相对macro-F1和9.6%的准确率；
2、EBM-Net相比其他方法在对抗攻击下更鲁棒：用|Δ||Δ|，即在对抗数据集上的accuracy的相对减少的值来衡量模型的鲁棒性，|Δ||Δ|越大表示模型越易受攻击。
BioBERT的|Δ||Δ|几乎是EBM-Net的两倍（5.1%比2.7%），说明EBM-Net远比BioBERT鲁棒；
达摩院团队还基于COVID-evidence数据库提取了截止5月12日前完成的22篇临床试验的结果，以本工作定义的临床试验结果预测的格式构建了一个小型数据集。
达摩院团队提出的EBM-Net模型在该数据集上进行留一法验证得到的macro-F1和accuracy都远高于BioBERT，分别是45.5%比36.1%和59.1%比50.0%，再一次验证了EBM-Net的有效性。
为了优化临床试验的设计过程，本文从NLP的角度定义了临床试验结果预测任务，并且提出了一种基于大规模隐式证据预训练的EBM-Net模型来解决这个任务。
EBM-Net在标准数据集和新冠肺炎相关临床试验上都有较好的表现，大幅超过生物医学NLP的SOTA模型BioBERT。
未来，临床试验可以在EBM-Net等相关模型的协助下进行设计：
当我们固定了想要研究的疾病人群（P）和观察指标（O）后，可以固定以现有的标准治疗为对照（C），遍历每种可能的新型治疗方式（I）以及其相关的背景介绍（B），用模型预测其成功的概率，优先选取所有可能的治疗方式中成功概率高的做临床试验。
当然，模型在技术上还需要进一步地提高才能更好地辅助临床试验设计。后续，我们可以把团队构建的大规模医学知识图谱集成在模型中，使其拥有更准确和鲁棒的预测能力。雷锋网
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